Ewolucja eksperymentalna ma znaczenie dla ekologii, ponieważ może łączyć fizjologię, aw szczególności metabolizm, z zagadnieniami ekologii. Badanie związku między środowiskiem a ewolucją metabolizmu jest łatwe do prześledzenia, ponieważ eksperymenty te manipulują bardzo prostym środowiskiem w celu uzyskania przewidywalnych wyników ewolucyjnych. W ten sposób eksperymenty doboru drobnoustrojów mogą zbadać przyczynowe elementy doboru naturalnego: w jaki sposób określone cechy w różnych środowiskach przyniosą różne dopasowanie.
W tym miejscu dokonujemy przeglądu metodologii eksperymentów ewolucji drobnoustrojów i zajmujemy się trzema kwestiami, które są istotne dla ekologów: interakcje genotypów ze środowiskiem, zróżnicowanie ekologiczne ze względu na specjalizację oraz negatywna selekcja zależna od częstotliwości. Po pierwsze, spodziewamy się, że interakcje genotypów ze środowiskiem będą wszechobecne w systemach biologicznych. Po drugie, chociaż w niektórych przypadkach ekologicznej specjalizacji uwikłana jest antagonistyczna plejotropia, wydaje się, że działają również inne mechanizmy.
Po trzecie, podczas gdy negatywna selekcja zależna od częstotliwości może utrzymać różnorodność ekologiczną w systemach laboratoryjnych, analiza mechanistyczna (biochemiczna) tych systemów sugeruje, że ujemna zależność od częstotliwości może mieć zastosowanie tylko w wąskim zakresie środowisk, jeśli zasoby są substytucyjne. Na koniec dochodzimy do wniosku, że ewolucja eksperymentalna drobnoustrojów musi korzystać z technik molekularnych, które mogłyby umożliwić mechanistyczne zrozumienie zróżnicowania ekologicznego w tych prostych systemach.
Miękka zgnilizna Enterobacteriaceae (SRE) gatunki Pectobacterium i Dickeya (wcześniej klasyfikowane jako pektynolityczne Erwinia spp.) Powodują poważne choroby ziemniaka i innych roślin uprawnych i ogrodniczych. Mogą wpływać na rosnącą roślinę ziemniaka, powodując czarną nóżkę i są odpowiedzialne za miękką zgniliznę bulw podczas przechowywania, zmniejszając w ten sposób plon i jakość. Wydajne i opłacalne metody wykrywania i identyfikacji są niezbędne do badania ekologii i patogenezy SRE, a także do programów certyfikacji nasion. Celem tego przeglądu było zebranie wszystkich istniejących informacji na temat dostępnych metod wykrywania SRE.
Raport przeglądowy dotyczy pobierania próbek i przygotowania materiału roślinnego do badań oraz ponad trzydziestu metod wykrywania, identyfikacji i różnicowania miękkiej zgnilizny i czarnej nóżki wywołującej bakterie na poziomie gatunku i podgatunku. Należą do nich metody oparte na cechach biochemicznych, serologii, techniki molekularne polegające na amplifikacji sekwencji DNA, a także kilka mniej zbadanych. Bakterie żyjące w osadach przyujściowych i przybrzeżnych będą jednymi z pierwszych celów tych nowych zanieczyszczeń. Pseudomonady często występują w tych ekosystemach. Biorą udział w kilku cyklach biogeochemicznych i są znane ze swojej wysokiej odporności na zanieczyszczenia.
W konsekwencji to badanie skupiające się na wpływie CdSe NP na morski szczep P. fluorescens BA3SM1 jest bardzo istotne z kilku powodów. Po pierwsze, ma na celu poprawę wiedzy na temat interakcji między bakteriami a nanocząsteczkami. Ma to fundamentalne znaczenie dla skutecznego wykorzystania NP przeciwko chorobotwórczym bakteriom. Po drugie, pomimo interakcji CdSe NP z komórkami bakteryjnymi, szczep BA3SM1 może opracować różne strategie przeciwdziałania toksyczności CdSe NP i zapewnienia jego wzrostu. Wykazuje interesujące właściwości sekwestrowania NP CdSe i zachowuje zdolność do tworzenia biofilmu. Dlatego szczep ten wydaje się być obiecującym czynnikiem w bioremediacji NP dzięki procesom biofiltracji.
Wreszcie badanie pokazuje, że nanocząsteczki CdSe o średnicy 8 nm powodują zmniejszenie wydzielania sideroforu pyoverdine, wtórnego metabolitu odgrywającego kluczową rolę w ekologii drobnoustrojów, ponieważ napędza on przetrwanie bakterii i konkurencyjność w ekosystemach. Bakterie wytwarzające efektywne siderofory przeżywają lepiej w środowisku z niedoborem Fe, gdzie antagonizują wzrost innych drobnoustrojów, które uważają za niedobór żelaza. Ponadto siderofory są również wykorzystywane jako czynniki wirulencji w ludzkich szczepach patogennych, takich jak P. aeruginosa.
W związku z tym badanie podkreśla, że nanocząsteczki mogą wpływać na wtórny metabolizm bakterii, co ma konsekwencje środowiskowe i medyczne. Ponadto w tej pracy pozyskiwanie danych zależne od danych (DDA) zapewniło najnowocześniejsze dane ze spektrometrii masowej za pomocą Spectral Counting i MS1 Label-Free. Połączenie tych dwóch dobrze znanych technik proteomicznych, w tym walidacji ręcznej, wzmocniło identyfikację i oznaczanie ilościowe regulowanych białek. Ponadto liczne korelacje między analizami proteomicznymi a innymi obserwacjami (fizjologicznymi, biochemicznymi, mikroskopowymi) ugruntowały nasze interpretacje.
Profile proteomiczne i metabolomiczne wykazują zróżnicowanie wśród wolno żyjących i symbiotycznych biofilmów vibrio fischeri.
Wiele gatunków bakterii może rosnąć w różnych trybach historii życia, co umożliwia ich przetrwanie i przetrwanie zarówno w stadiach wolnego życia planktonu, jak i w społecznościach biofilmu. Mechanizmy przyczyniające się do trwałości i przeżycia komórki planktonowej lub biofilmu można dokładnie określić przy użyciu wielu technik różnicujących (np. Genomika i transkryptomika). W tym badaniu przedstawiamy analizy proteomiczne i metabolomiczne biofilmów Vibrio fischeri, wykazujące potencjał połączonych badań różnicowych w celu wyjaśnienia zmian w historii życia ważnych dla ustalenia mutualizmu poprzez tworzenie biofilmu i kolonizację gospodarza.
W badaniu wykorzystano podejście metabolomiczne / proteomiczne lub „metaproteomiczne”, odnoszące się do połączonej analizy białek i danych metabolicznych, która wypełnia lukę między zmianami fenotypowymi (tworzenie się komórek planktonowych w biofilmie) a zmianami genotypowymi (odzwierciedlonymi w profilach białek / metabolicznych). Nasze metody wykorzystywały konstrukcję strzelby białkowej, a następnie chromatografię cieczową połączoną z wykrywaniem spektrometrii mas (LC-MS) i oznaczaniem ilościowym zarówno dla organizmów wolno żyjących, jak i tworzących biofilm V. fischeri.
) LL-37 (scrambled) |
|
H-7886.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 283 |
|
Description: Sum Formula: C205H340N60O53; CAS# [1354065-56-7] net |
LL-37 (scrambled) |
|
H-7886.1000 |
Bachem |
1.0mg |
EUR 441 |
|
Description: Sum Formula: C205H340N60O53; CAS# [1354065-56-7] net |
) Neuropeptide Y (scrambled) |
|
B7530-1 |
ApexBio |
1 mg |
EUR 405 |
|
Description: Scrambled Neuropeptide Y (scNPY) was similarly synthesized and contains the same amino acids as NPY, but scNPY is in a random sequence, it was used as a control in the research in NPY [1]. The sequence of scNPY is SKPQRDANREPTRYAIYDYSNPDIELHYLRPAYALG-NH2 [2]. |
 Scrambled TRAP Fragment Peptide |
|
20-abx265858 |
Abbexa |
-
EUR 356.00
-
EUR 537.00
-
EUR 286.00
|
|
|
|
 Scrambled sgRNA CRISPR Lentivector |
|
K018 |
ABM |
1.0 ug |
EUR 154 |
) 5-FAM-LL-37 (scrambled) |
|
H-7888.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 466 |
|
Description: Sum Formula: C226H350N60O59; CAS# [2022972-73-0] net |
5-FAM-LL-37 (scrambled) |
|
H-7888.1000 |
Bachem |
1.0mg |
EUR 776 |
|
Description: Sum Formula: C226H350N60O59; CAS# [2022972-73-0] net |
) Biotinyl-eAhx-LL-37 (scrambled) |
|
H-7896.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 452 |
|
Description: Sum Formula: C221H365N63O56S; CAS# [2022972-72-9] net |
Biotinyl-eAhx-LL-37 (scrambled) |
|
H-7896.1000 |
Bachem |
1.0mg |
EUR 747 |
|
Description: Sum Formula: C221H365N63O56S; CAS# [2022972-72-9] net |
 Adenovirus Antibody |
|
abx021507-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 801 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx021509-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 926 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx021510-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 592 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx021511-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 592 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx021512-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 592 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx021521-02mg |
Abbexa |
0.2 mg |
EUR 1121 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx021524-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 1017 |
|
|
Adenovirus Antibody |
|
abx022913-1ml |
Abbexa |
1 ml |
EUR 599 |
|
|
 Adenovirus antibody |
|
10-3147 |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 359 |
|
Description: Mouse Monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-3148 |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 359 |
|
Description: Mouse Monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02A |
Fitzgerald |
200 ug |
EUR 354 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02B |
Fitzgerald |
200 ug |
EUR 281 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02C |
Fitzgerald |
200 ug |
EUR 228 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02E |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 530 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02F |
Fitzgerald |
200 ug |
EUR 224 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02G |
Fitzgerald |
200 ug |
EUR 354 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10-A02H |
Fitzgerald |
200 ug |
EUR 402 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10C-CR1238M2 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 247 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10R-A115a |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 408 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10R-A115b |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 489 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
10R-A115c |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 448 |
|
Description: Mouse monoclonal Adenovirus antibody |
Adenovirus antibody |
|
20-AG02 |
Fitzgerald |
1 mg |
EUR 116 |
|
Description: Goat polyclonal Adenovirus antibody |
 Adenovirus protein |
|
30R-AA006X |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 795 |
|
Description: Purified native Adenovirus protein |
Adenovirus antibody |
|
70R-AR025 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 300 |
|
Description: Affinity purified Rabbit polyclonal Adenovirus antibody |
 3-D Life Scrambled RGD Peptide |
|
P11-3 |
Cellendes |
3x 1 µmol |
EUR 276 |
3-D Life Scrambled RGD Peptide |
|
09-P-003 |
Cellendes |
1 µmol |
EUR 121 |
 (human) (scrambled)) Prion Protein (106-126) (human) (scrambled) |
|
H-4882.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 273 |
|
Description: Sum Formula: C80H138N26O24S2; CAS# [150469-23-1] net |
Prion Protein (106-126) (human) (scrambled) |
|
H-4882.1000 |
Bachem |
1.0mg |
EUR 418 |
|
Description: Sum Formula: C80H138N26O24S2; CAS# [150469-23-1] net |
) Tide Fluor 2-LL-37 (scrambled) |
|
H-8288.0100 |
Bachem |
0.1mg |
EUR 312 |
|
Description: Sum Formula: C205H340N60O53+dye |
Tide Fluor 2-LL-37 (scrambled) |
|
H-8288.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 1017 |
|
Description: Sum Formula: C205H340N60O53+dye |
 (scrambled)) Amyloid b-Protein (1-42) (scrambled) |
|
H-7406.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 441 |
|
Description: Sum Formula: C203H311N55O60S; CAS# [1678415-52-5] net |
Amyloid b-Protein (1-42) (scrambled) |
|
H-7406.1000 |
Bachem |
1.0mg |
EUR 589 |
|
Description: Sum Formula: C203H311N55O60S; CAS# [1678415-52-5] net |
 (scrambled)) Amyloid b-Protein (1-40) (scrambled) |
|
H-7408.0500 |
Bachem |
0.5mg |
EUR 335 |
|
Description: Sum Formula: C194H295N53O58S; CAS# [1678415-68-3] net |
Amyloid b-Protein (1-40) (scrambled) |
|
H-7408.1000 |
Bachem |
1.0mg |
EUR 606 |
|
Description: Sum Formula: C194H295N53O58S; CAS# [1678415-68-3] net |
 Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120000-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120001-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120002-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120003-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120004-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120005-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120006-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx120007-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
 ?-Galalactosidase Recombinant Adenovirus |
|
ADV-002 |
Cell Biolabs |
50 ?L |
EUR 891 |
|
Description: Premade recombinant adenovirus containing the beta-galactosidase gene |
 Rac1 Recombinant Adenovirus |
|
ADV-149 |
Cell Biolabs |
50 ?L |
EUR 891 |
|
Description: Premade recombinant adenovirus containing the Rac1 gene |
 Cdc42 Recombinant Adenovirus |
|
ADV-152 |
Cell Biolabs |
50 ?L |
EUR 891 |
|
Description: Premade recombinant adenovirus containing the Cdc42 gene |
 RFP expression Adenovirus |
|
AVP001 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made RFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 CFP expression Adenovirus |
|
AVP002 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made CFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 Luciferase / GFP Adenovirus |
|
AVP004 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made Luciferase / GFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 Luciferase / RFP Adenovirus |
|
AVP005 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made Luciferase / RFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 CRISPR / hCas9 Adenovirus |
|
AVP010 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 451 |
|
Description: pre-made adenovirus expresses the neclear penetrated, human codon optimized wild-type Cas9 endonuclease, provided in DMEM medium. |
 GFP expression Adenovirus |
|
AVP011 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made GFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 YFP expression Adenovirus |
|
AVP012 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made YFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 BFP expression Adenovirus |
|
AVP017 |
GenTarget |
1x109 IFU/ml x 200ul |
EUR 349 |
|
Description: pre-made BFP expression adenovirus, provided in DMEM medium. |
 GFP Recombinant Adenovirus |
|
ADV-004 |
Cell Biolabs |
50 ?L |
EUR 891 |
|
Description: Premade recombinant adenovirus containing the GFP gene |
 Cre Recombinant Adenovirus |
|
ADV-005 |
Cell Biolabs |
50 ?L |
EUR 891 |
|
Description: Premade recombinant adenovirus containing the Cre gene |
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023872-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx024001-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 1010 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx024002-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 1010 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx024003-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 1010 |
|
|
) Adenovirus Antibody (FITC) |
|
abx021508-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 1247 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021514-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 843 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021516-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 843 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021518-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 1017 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021519-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 926 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021520-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 732 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021523-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 732 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx021525-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 732 |
|
|
Adenovirus Antibody (FITC) |
|
abx022914-1ml |
Abbexa |
1 ml |
EUR 648 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023633-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 662 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023661-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023662-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023854-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023856-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023857-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
Adenovirus Hexon Antibody |
|
abx023858-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 599 |
|
|
 Antibody) Adenovirus (ADV) Antibody |
|
abx411041-1ml |
Abbexa |
1 ml |
EUR 509 |
|
|
Adenovirus (ADV) Antibody |
|
abx414317-1ml |
Abbexa |
1 ml |
EUR 662 |
|
|
Adenovirus (ADV) Antibody |
|
abx414953-1mg |
Abbexa |
1 mg |
EUR 829 |
|
|
 Adeno-SV40 Adenovirus |
|
G210 |
ABM |
250 ul |
EUR 1014 |
Przedstawiamy obraz z rozdzielczością czasową około 100 białek (2D-PAGE i proteomika strzelby) i 200 metabolitów, które są obecne podczas przejścia od wzrostu planktonu do tworzenia biofilmu w społeczności. Białka biorące udział w odpowiedzi na stres, naprawie uszkodzeń DNA i transporcie okazały się silnie wyrażane w stanie biofilmu. Ponadto metabolity wykryte w biofilmach odpowiadają składnikom macierzy egzopolisacharydów (EPS) (cukry i glicerol). Zmianom enzymów metabolicznych towarzyszyły wyraźniejsze zmiany stężenia półproduktów ze szlaku glikolizy, a także kilku aminokwasów.
