W społeczności naukowej od dawna ustalono znaczenie biologiczne i zróżnicowane możliwości metaboliczne określonych szczepów drobnoustrojów. W przeszłości szczepy były w dużej mierze definiowane i charakteryzowane na podstawie izolatów drobnoustrojów. Jednak pojawienie się nowych technologii i technik umożliwiło ocenę ich ekologii i fenotypów w społecznościach drobnoustrojów i mikrobiomie człowieka. Chociaż teraz jest bardziej oczywiste, jak patogenne warianty szczepów są szkodliwe dla zdrowia ludzkiego, dopiero niedawno ujawniono konsekwencje subtelnej zmienności genetycznej w mikrobiomie.
W tym miejscu dokonujemy przeglądu definicji operacyjnych szczepów (np. Wariantów genetycznych i strukturalnych), ponieważ można je teraz zidentyfikować w społecznościach drobnoustrojów przy użyciu różnych wysokowydajnych, często niezależnych od kultury technik. Podsumowujemy rozmieszczenie i różnorodność szczepów w organizmie człowieka oraz ich wyłaniające się powiązania z utrzymaniem zdrowia, ryzykiem i postępem choroby oraz reakcjami biochemicznymi na zaburzenia, takie jak dieta lub leki. Podajemy metody identyfikacji, kwantyfikacji i śledzenia szczepów, wykorzystując sekwencjonowanie o dużej przepustowości wraz z innymi technologiami molekularnymi i „kulturomicznymi”. Na koniec omawiamy implikacje badań populacyjnych w wypełnianiu luk eksperymentalnych i prowadzeniu do lepszego zrozumienia wpływu szczepów na zdrowie ludzkiego mikrobiomu.
Sekwencjonowanie genomu ujawniło znaczną zmienność przewidywanych zdolności poszczególnych gatunków w obrębie mikroflory jelitowej zwierząt do metabolizowania złożonych węglowodanów zawierających błonnik pokarmowy. Jednocześnie ograniczona obecnie liczba badań funkcjonalnych nie pozwala na lepsze zrozumienie, w jaki sposób struktury glikanów w diecie wpływają na skład mikroflory jelitowej i dynamikę społeczności. Tutaj, przy użyciu technik biochemicznych i biofizycznych, zidentyfikowaliśmy i scharakteryzowaliśmy różnice między rekombinowanymi białkami z syntenowych loci wykorzystania ksyloglukanu (XyGUL) trzech gatunków Bacteroides i jednego gatunku Dysgonomonas z ludzkiego jelita, które kierują specyficznością substratową i dostępem do odrębnych łańcuchów bocznych polisacharydów.
Enzymologia czterech syntetycznych hydrolaz glikozydowych z rodziny 5 podrodziny 4 (GH5_4) endo-ksyloglukanaz ujawniła zaskakujące różnice w specyficzności cięcia szkieletu ksyloglukanu (XyG), w tym zdolność niektórych homologów do hydrolizowania zatkanych pozycji rozgałęzionych. Ponadto różnice w dopełnianiu alfa-l-arabinofuranozydaz GH43 i alfa-l-fukozydaz GH95 w syntenicznym XyGUL nadają odrębne zdolności do pełnego scukrzania specyficznego dla gatunku arabinogalaktoksyloglukanu i / lub fukogalaktoksyloglukanu. Wreszcie, charakterystyka białek wiążących glikany na powierzchni komórki o dużej rozbieżności (SGBP) w syntenicznym XyGUL ujawniła nową grupę SGBP specyficznych dla oligosacharydów XyG, kodowanych w wybranych Bacteroides. zwierzęta kierują składem i funkcją mikroflory jelitowej.
Zatem szczegółowa charakterystyka molekularna systemów utylizacji glikanów w pożywieniu jest niezbędna zarówno do zrozumienia ekologii tych złożonych społeczności, jak i do manipulowania ich składem, np. Z korzyścią dla zdrowia ludzkiego. Nasze badania ujawniają nowy wgląd w to, jak wszechobecni członkowie ludzkiej mikroflory jelitowej wyewoluowali zestaw mikroheterogennych klastrów genów, aby skutecznie reagować na zmiany strukturalne ksyloglukanów roślin. Przedstawione tutaj dane umożliwią udoskonaloną funkcjonalną prognozę wykorzystania ksyloglukanu wśród różnych taksonów środowiskowych w jelitach zwierząt i nie tylko.
Monitorowanie bakteriologiczne powierzchni nieożywionych i sprzętu w niektórych szpitalach referencyjnych w mieście Assiut w Egipcie.
Zakażenia szpitalne stanowią poważny problem zdrowia publicznego we wszystkich krajach. Oczywiste jest, że monitorowanie środowiska szpitalnego jest istotnym elementem kontroli i częścią polityki zapobiegania zakażeniom szpitalnym. Pozwala na lepsze poznanie ekologii drobnoustrojów w celu prowadzenia działań zapobiegawczych i naprawczych. Celem pracy było określenie procentu skażenia bakteryjnego próbek środowiskowych oraz identyfikacja potencjalnych patogenów szpitalnych wyizolowanych ze środowisk siedmiu szpitali skierowanych w latach 2009-2015.
Za pomocą techniki wymazów pobrano 12863 próbki. Wykonano posiewy jakościowe i ilościowe. Organizmy identyfikowano przede wszystkim na podstawie morfologii kolonii, mikroskopii barwienia Grama i standardowych testów biochemicznych. Zanieczyszczenie wykazało 25,6% wszystkich próbek (93% to drobnoustroje monomikrobiologiczne, a 7,0% to bakterie polikrobiologiczne). Dominującym gatunkiem był gronkowiec koagulazo-ujemny (CNS) (32%), następnie oporny na metycylinę S. aureus (MRSA) (26%), a następnie K. pneumonia (10,6%). Odsetek zakażeń był zróżnicowany w poszczególnych szpitalach objętych badaniem oraz w zależności od roku monitorowania, z wysoce istotną statystycznie różnicą (wartość p <0,001).
Bezpośredni kontakt z powierzchniami lub sprzętem środowiskowym przenosi większość zakażeń szpitalnych. Zidentyfikowano główne patogeny szpitalne. Dyrektorzy szpitali i organy opieki zdrowotnej muszą być świadomi realności koncepcji środowiskowych zbiorników bakteryjnych oraz potrzeby przestrzegania procedur czyszczenia biologicznego i wyboru narzędzi do czyszczenia biologicznego.

Złożona taksonomiczna i funkcjonalna struktura mikrobiomów w systemach bioremediacji kwaśnego odwadniania kopalń.
Górnictwo jest jednym z najważniejszych działań w rozwoju gospodarczym wielu krajów i powoduje bardzo istotne zmiany w środowisku, głównie z powodu uwalniania silnie kwaśnych ścieków bogatych w metale, zwanych kwaśnym odwadnianiem kopalń (AMD). W konsekwencji ustanowienie wielu strategii oczyszczania ścieków pozostaje podstawowym wyzwaniem w badaniach nad AMD. Bioremediacja, jako stale rozwijające się multidyscyplinarne przedsięwzięcie, została uzupełniona w ostatnich dziesięcioleciach o nowe narzędzia o coraz wyższej rozdzielczości, takie jak te oparte na podejściu omicznym, które zapewniają szczegółowy wgląd w ekologię, ewolucję i mechanizmy społeczności drobnoustrojów działających w procesach bioremediacji .
Przegląd ten w szczególności odnosi się, ponownie analizuje i ponownie bada w złożony sposób porównawczy, dostępnych informacji o sekwencji i powiązanych metadanych dostępnych w publicznych bazach danych na temat społeczności drobnoustrojów dotkniętych AMD; podsumowując naszą wiedzę na temat jego składu i funkcji oraz proponując potencjalne udoskonalenia genetyczne dla ulepszonych strategii bioremediacji. 16 Dane z sekwencjonowania ukierunkowanego na gen S rRNA z 9 wcześniej opublikowanych badań, w tym systemów AMD zgłoszonych i zbadanych na całym świecie, zostały zebrane i ponownie przeanalizowane, aby porównać i zidentyfikować główne i najliczniejsze rodzaje w czterech różnych ekosystemach AMD: biofilm powierzchniowy, woda, dotknięte gleby / osady i mikrobiomy bioreaktorów.
pGB Caspase-8 siRNA Vector |
9508-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB Caspase-8 siRNA Vector |
9508-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB Caspase-9 siRNA Vector |
9509-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB Caspase-9 siRNA Vector |
9509-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
siRNA Cloning Vector (pGB) |
9500-20 |
Biovision |
|
EUR 294 |
pGB CIAP-1 siRNA Vector Mix |
9516-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB CIAP-1 siRNA Vector Mix |
9516-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
Control siRNA Vector (pGB-control) |
9500C-20 |
Biovision |
|
EUR 338 |
pGB AIF siRNA Vector Mix |
9511-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB AIF siRNA Vector Mix |
9511-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB BAD siRNA Vector Mix |
9512-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB BAD siRNA Vector Mix |
9512-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB BAX siRNA Vector Mix |
9513-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB BAX siRNA Vector Mix |
9513-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB BID siRNA Vector Mix |
9515-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB BID siRNA Vector Mix |
9515-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB Hsp90 siRNA Vector Mix |
9518-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB Hsp90 siRNA Vector Mix |
9518-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB Bcl-2 siRNA Vector Mix |
9514-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB Bcl-2 siRNA Vector Mix |
9514-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
pGB CIAP-2 siRNA Vector Mix |
9517-20 |
Biovision |
|
EUR 610 |
pGB CIAP-2 siRNA Vector Mix |
9517-60 |
Biovision |
|
EUR 1055 |
Anti-Caspase-1(P20)/CASP1 Antibody |
PA1440-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 294 |
TranslationBlocker Human Caspase-1 siRNA, 1nmol |
QX38-1nmol |
EnQuireBio |
1nmol |
EUR 276 |
TranslationBlocker Human Caspase-1 siRNA, 5nmol |
QX38-5nmol |
EnQuireBio |
5nmol |
EUR 377 |
Caspase Inhibitor Set I |
A9901-1 |
ApexBio |
1 Set |
EUR 154 |
Caspase-3/7 Inhibitor |
2780-1 |
Biovision |
|
EUR 153 |
Anti-Caspase 8/CASP8 Antibody |
A00042-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 294 |
Anti-Caspase-2/CASP2 Antibody |
A02384-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 334 |
Anti-Caspase 4/CASP4 Antibody |
A02941-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 334 |
Caspase-3/7 Inhibitor I |
A1925-1 |
ApexBio |
1 mg |
EUR 148 |
Description: Caspase-3/7 inbibitor I is a potent, reversible, isatin sulfonamide-based inhibitor of caspase-3 (KI(app) = 60 nM) and caspase-7 (KI(app) = 170 nM). Is a weaker inhibitor of caspase-9 (Ki(app) = 3.1 mM). |
Anti-Caspase-8 Rabbit Monoclonal Antibody |
M00042-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-8 Antibody. Validated in IF, WB and tested in Human. |
Anti-Caspase-7 Rabbit Monoclonal Antibody |
M01044-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-7 Antibody. Validated in IP, WB and tested in Mouse, Rat. |
Anti-Caspase-10 Rabbit Monoclonal Antibody |
M02190-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-10 Antibody. Validated in IP, WB and tested in Human. |
Anti-Caspase-2 Rabbit Monoclonal Antibody |
M02384-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-2 Antibody. Validated in IF, IHC, WB and tested in Human, Mouse, Rat. |
Anti-Caspase-3 (P10)/CASP3 Antibody |
PA1302-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 334 |
Anti-Caspase-6(P18)/CASP6 Antibody |
PA1441-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 334 |
Anti-Caspase-3(P17)/CASP3 Antibody |
PA1961-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 334 |
Ac-DEVD-CHO, Caspase-3 Inhibitor |
10404-1 |
Biotium |
1MG |
EUR 125 |
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1MG |
Caspase-8 Inhibitor Z-IETD-FMK |
B4096-.1 |
ApexBio |
100 µl (2 mM) |
EUR 195 |
Description: Z-IETD-FMK is an inhibitor of caspase 8 [1].Z-IETD-FMK inhibits T cell proliferation induced by PHA or anti-CD3 plus anti-CD28 without toxicity of resting T cells. |
Caspase-9 Inhibitor Z-LEHD-FMK |
B4573-.1 |
ApexBio |
100 µl (2 mM) |
EUR 195 |
Description: Z-LEHD-FMK is a specific and irreversible inhibitor of caspase-9 [1]. Caspase-9 is an initiator caspase and plays an important role in the mitochondrial death pathway. |
Caspase-3 Inhibitor, Ac-DMQD-CHO |
B2161-1 |
Biovision |
|
EUR 137 |
Caspase-3 Inhibitor Q-DEVD-OPh |
1175-1 |
Biovision |
|
EUR 272 |
Caspase-8 Inhibitor, Q-IETD-OPh |
1176-1 |
Biovision |
|
EUR 305 |
Caspase-9 Inhibitor, Q-LEHD-OPh |
1177-1 |
Biovision |
|
EUR 294 |
Caspase-3 inhibitor, Z-DQMD-FMK |
2782-1 |
Biovision |
|
EUR 142 |
TranslationBlocker Human Caspase-2 siRNA, 10nmol |
QX39-10nmol |
EnQuireBio |
10nmol |
EUR 377 |
TranslationBlocker Human Caspase-2 siRNA, 2nmol |
QX39-2nmol |
EnQuireBio |
2nmol |
EUR 276 |
TranslationBlocker Human Caspase-3 siRNA, 10nmol |
QX40-10nmol |
EnQuireBio |
10nmol |
EUR 377 |
TranslationBlocker Human Caspase-3 siRNA, 2nmol |
QX40-2nmol |
EnQuireBio |
2nmol |
EUR 276 |
TranslationBlocker Human Caspase-6 siRNA, 10nmol |
QX41-10nmol |
EnQuireBio |
10nmol |
EUR 377 |
TranslationBlocker Human Caspase-6 siRNA, 2nmol |
QX41-2nmol |
EnQuireBio |
2nmol |
EUR 276 |
TranslationBlocker Human Caspase-7 siRNA, 10nmol |
QX42-10nmol |
EnQuireBio |
10nmol |
EUR 377 |
TranslationBlocker Human Caspase-7 siRNA, 2nmol |
QX42-2nmol |
EnQuireBio |
2nmol |
EUR 276 |
TranslationBlocker Human Caspase-8 siRNA, 10nmol |
QX43-10nmol |
EnQuireBio |
10nmol |
EUR 377 |
TranslationBlocker Human Caspase-8 siRNA, 2nmol |
QX43-2nmol |
EnQuireBio |
2nmol |
EUR 276 |
Anti-pro Caspase 9 Rabbit Monoclonal Antibody |
M00080-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal pro Caspase 9 Antibody. Validated in WB and tested in Human. |
Anti-pro Caspase 3 Rabbit Monoclonal Antibody |
M00334-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal pro Caspase 3 Antibody. Validated in IP, IF, WB and tested in Human, Mouse. |
Anti-Caspase-6 p18 Rabbit Monoclonal Antibody |
M02631-1 |
BosterBio |
100ug/vial |
EUR 397 |
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-6 p18 Antibody. Validated in IP, WB and tested in Human. |
Pan-caspase inhibitor, Q-VD(OMe)-OPh |
2787-1 |
Biovision |
|
EUR 262 |
Caspase-1 Antibody |
24290-100ul |
SAB |
100ul |
EUR 390 |
Caspase-1 Antibody |
24291-100ul |
SAB |
100ul |
EUR 390 |
caspase 1 Antibody |
39310-100ul |
SAB |
100ul |
EUR 390 |
Caspase-1 Antibody |
48847-100ul |
SAB |
100ul |
EUR 333 |
Caspase-1 Antibody |
48847-50ul |
SAB |
50ul |
EUR 239 |
Caspase 1 Antibody |
AF5418 |
Affbiotech |
200ul |
EUR 304 |
Description: Caspase 1 Antibody detects endogenous levels of total Caspase 1. |
anti-Caspase 1 |
YF-PA10676 |
Abfrontier |
100 ug |
EUR 403 |
Description: Rabbit polyclonal to Caspase 1 |
Caspase 1 Antibody |
6687-100 |
Biovision |
|
EUR 338 |
Caspase 1 Antibody |
6687-30T |
Biovision |
|
EUR 146 |
Caspase-1 Antibody |
3019-100 |
Biovision |
|
EUR 403 |
Caspase-1 Antibody |
3019-30T |
Biovision |
|
EUR 146 |
Caspase 1 antibody |
20R-1427 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 651 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 protein |
30R-2404 |
Fitzgerald |
25 units |
EUR 375 |
Description: Purified recombinant Human Caspase 1 protein |
Caspase 1 protein |
30R-2413 |
Fitzgerald |
25 units |
EUR 295 |
Description: Purified recombinant Mouse Caspase 1 protein |
Caspase-1 Antibody |
3459-002mg |
ProSci |
0.02 mg |
EUR 171.82 |
|
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts. |
Caspase-1 Antibody |
3459-01mg |
ProSci |
0.1 mg |
EUR 436.42 |
|
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts. |
Caspase-1 Antibody |
3463-002mg |
ProSci |
0.02 mg |
EUR 171.82 |
|
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts. |
Caspase-1 Antibody |
3463-01mg |
ProSci |
0.1 mg |
EUR 436.42 |
|
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts. |
Caspase-1 Peptide |
3459P |
ProSci |
0.05 mg |
EUR 164.75 |
Description: (CT) Caspase-1 peptide |
Caspase-1 Peptide |
3463P |
ProSci |
0.05 mg |
EUR 164.75 |
Description: (IN) Caspase-1 peptide |
Caspase 1 antibody |
70R-31086 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 327 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-31087 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 327 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-31116 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 327 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-35920 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 327 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-11561 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 527 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-13979 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 322 |
Description: Affinity purified Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-14061 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 322 |
Description: Affinity purified Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-15367 |
Fitzgerald |
100 ug |
EUR 327 |
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-51474 |
Fitzgerald |
100 ul |
EUR 244 |
Description: Purified Polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-49451 |
Fitzgerald |
100 ul |
EUR 244 |
Description: Purified Polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase 1 antibody |
70R-49452 |
Fitzgerald |
100 ul |
EUR 244 |
Description: Purified Polyclonal Caspase 1 antibody |
Caspase-3 DEVD-R110 Fluorometric HTS Assay Kit |
30009-1 |
Biotium |
1KIT |
EUR 100 |
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1KIT |
Ustaliliśmy, że zbiorowiska drobnoustrojów w bioreaktorach były najbardziej zróżnicowane pod względem wykrytych typów bakterii. Przewidywane szlaki metaboliczne silnie wskazują na kluczową rolę zbiorowisk syntroficznych z denitryfikacją, metanogenezą, redukcją manganu, siarczanów i żelaza. Omówiono perspektywy badania dynamiki systemów inżynieryjnych za pomocą wysokowydajnego sekwencjonowania i technik biochemicznych oraz zaproponowano przewidywane zastosowanie biologii syntetycznej i eksploracji omiki do ulepszonej biotransformacji AMD.