W społeczności naukowej od dawna ustalono znaczenie biologiczne i zróżnicowane możliwości metaboliczne określonych szczepów drobnoustrojów. W przeszłości szczepy były w dużej mierze definiowane i charakteryzowane na podstawie izolatów drobnoustrojów. Jednak pojawienie się nowych technologii i technik umożliwiło ocenę ich ekologii i fenotypów w społecznościach drobnoustrojów i mikrobiomie człowieka. Chociaż teraz jest bardziej oczywiste, jak patogenne warianty szczepów są szkodliwe dla zdrowia ludzkiego, dopiero niedawno ujawniono konsekwencje subtelnej zmienności genetycznej w mikrobiomie.

W tym miejscu dokonujemy przeglądu definicji operacyjnych szczepów (np. Wariantów genetycznych i strukturalnych), ponieważ można je teraz zidentyfikować w społecznościach drobnoustrojów przy użyciu różnych wysokowydajnych, często niezależnych od kultury technik. Podsumowujemy rozmieszczenie i różnorodność szczepów w organizmie człowieka oraz ich wyłaniające się powiązania z utrzymaniem zdrowia, ryzykiem i postępem choroby oraz reakcjami biochemicznymi na zaburzenia, takie jak dieta lub leki. Podajemy metody identyfikacji, kwantyfikacji i śledzenia szczepów, wykorzystując sekwencjonowanie o dużej przepustowości wraz z innymi technologiami molekularnymi i „kulturomicznymi”. Na koniec omawiamy implikacje badań populacyjnych w wypełnianiu luk eksperymentalnych i prowadzeniu do lepszego zrozumienia wpływu szczepów na zdrowie ludzkiego mikrobiomu.

Sekwencjonowanie genomu ujawniło znaczną zmienność przewidywanych zdolności poszczególnych gatunków w obrębie mikroflory jelitowej zwierząt do metabolizowania złożonych węglowodanów zawierających błonnik pokarmowy. Jednocześnie ograniczona obecnie liczba badań funkcjonalnych nie pozwala na lepsze zrozumienie, w jaki sposób struktury glikanów w diecie wpływają na skład mikroflory jelitowej i dynamikę społeczności. Tutaj, przy użyciu technik biochemicznych i biofizycznych, zidentyfikowaliśmy i scharakteryzowaliśmy różnice między rekombinowanymi białkami z syntenowych loci wykorzystania ksyloglukanu (XyGUL) trzech gatunków Bacteroides i jednego gatunku Dysgonomonas z ludzkiego jelita, które kierują specyficznością substratową i dostępem do odrębnych łańcuchów bocznych polisacharydów.

Enzymologia czterech syntetycznych hydrolaz glikozydowych z rodziny 5 podrodziny 4 (GH5_4) endo-ksyloglukanaz ujawniła zaskakujące różnice w specyficzności cięcia szkieletu ksyloglukanu (XyG), w tym zdolność niektórych homologów do hydrolizowania zatkanych pozycji rozgałęzionych. Ponadto różnice w dopełnianiu alfa-l-arabinofuranozydaz GH43 i alfa-l-fukozydaz GH95 w syntenicznym XyGUL nadają odrębne zdolności do pełnego scukrzania specyficznego dla gatunku arabinogalaktoksyloglukanu i / lub fukogalaktoksyloglukanu. Wreszcie, charakterystyka białek wiążących glikany na powierzchni komórki o dużej rozbieżności (SGBP) w syntenicznym XyGUL ujawniła nową grupę SGBP specyficznych dla oligosacharydów XyG, kodowanych w wybranych Bacteroides. zwierzęta kierują składem i funkcją mikroflory jelitowej.

Zatem szczegółowa charakterystyka molekularna systemów utylizacji glikanów w pożywieniu jest niezbędna zarówno do zrozumienia ekologii tych złożonych społeczności, jak i do manipulowania ich składem, np. Z korzyścią dla zdrowia ludzkiego. Nasze badania ujawniają nowy wgląd w to, jak wszechobecni członkowie ludzkiej mikroflory jelitowej wyewoluowali zestaw mikroheterogennych klastrów genów, aby skutecznie reagować na zmiany strukturalne ksyloglukanów roślin. Przedstawione tutaj dane umożliwią udoskonaloną funkcjonalną prognozę wykorzystania ksyloglukanu wśród różnych taksonów środowiskowych w jelitach zwierząt i nie tylko.

Monitorowanie bakteriologiczne powierzchni nieożywionych i sprzętu w niektórych szpitalach referencyjnych w mieście Assiut w Egipcie.

Zakażenia szpitalne stanowią poważny problem zdrowia publicznego we wszystkich krajach. Oczywiste jest, że monitorowanie środowiska szpitalnego jest istotnym elementem kontroli i częścią polityki zapobiegania zakażeniom szpitalnym. Pozwala na lepsze poznanie ekologii drobnoustrojów w celu prowadzenia działań zapobiegawczych i naprawczych. Celem pracy było określenie procentu skażenia bakteryjnego próbek środowiskowych oraz identyfikacja potencjalnych patogenów szpitalnych wyizolowanych ze środowisk siedmiu szpitali skierowanych w latach 2009-2015.

Za pomocą techniki wymazów pobrano 12863 próbki. Wykonano posiewy jakościowe i ilościowe. Organizmy identyfikowano przede wszystkim na podstawie morfologii kolonii, mikroskopii barwienia Grama i standardowych testów biochemicznych. Zanieczyszczenie wykazało 25,6% wszystkich próbek (93% to drobnoustroje monomikrobiologiczne, a 7,0% to bakterie polikrobiologiczne). Dominującym gatunkiem był gronkowiec koagulazo-ujemny (CNS) (32%), następnie oporny na metycylinę S. aureus (MRSA) (26%), a następnie K. pneumonia (10,6%). Odsetek zakażeń był zróżnicowany w poszczególnych szpitalach objętych badaniem oraz w zależności od roku monitorowania, z wysoce istotną statystycznie różnicą (wartość p <0,001).

Bezpośredni kontakt z powierzchniami lub sprzętem środowiskowym przenosi większość zakażeń szpitalnych. Zidentyfikowano główne patogeny szpitalne. Dyrektorzy szpitali i organy opieki zdrowotnej muszą być świadomi realności koncepcji środowiskowych zbiorników bakteryjnych oraz potrzeby przestrzegania procedur czyszczenia biologicznego i wyboru narzędzi do czyszczenia biologicznego.

Złożona taksonomiczna i funkcjonalna struktura mikrobiomów w systemach bioremediacji kwaśnego odwadniania kopalń.

Górnictwo jest jednym z najważniejszych działań w rozwoju gospodarczym wielu krajów i powoduje bardzo istotne zmiany w środowisku, głównie z powodu uwalniania silnie kwaśnych ścieków bogatych w metale, zwanych kwaśnym odwadnianiem kopalń (AMD). W konsekwencji ustanowienie wielu strategii oczyszczania ścieków pozostaje podstawowym wyzwaniem w badaniach nad AMD. Bioremediacja, jako stale rozwijające się multidyscyplinarne przedsięwzięcie, została uzupełniona w ostatnich dziesięcioleciach o nowe narzędzia o coraz wyższej rozdzielczości, takie jak te oparte na podejściu omicznym, które zapewniają szczegółowy wgląd w ekologię, ewolucję i mechanizmy społeczności drobnoustrojów działających w procesach bioremediacji .

Przegląd ten w szczególności odnosi się, ponownie analizuje i ponownie bada w złożony sposób porównawczy, dostępnych informacji o sekwencji i powiązanych metadanych dostępnych w publicznych bazach danych na temat społeczności drobnoustrojów dotkniętych AMD; podsumowując naszą wiedzę na temat jego składu i funkcji oraz proponując potencjalne udoskonalenia genetyczne dla ulepszonych strategii bioremediacji. 16 Dane z sekwencjonowania ukierunkowanego na gen S rRNA z 9 wcześniej opublikowanych badań, w tym systemów AMD zgłoszonych i zbadanych na całym świecie, zostały zebrane i ponownie przeanalizowane, aby porównać i zidentyfikować główne i najliczniejsze rodzaje w czterech różnych ekosystemach AMD: biofilm powierzchniowy, woda, dotknięte gleby / osady i mikrobiomy bioreaktorów.

pGB Caspase-8 siRNA Vector
9508-20	Biovision		EUR 610

pGB Caspase-8 siRNA Vector
9508-60	Biovision		EUR 1055

pGB Caspase-9 siRNA Vector
9509-20	Biovision		EUR 610

pGB Caspase-9 siRNA Vector
9509-60	Biovision		EUR 1055

siRNA Cloning Vector (pGB)
9500-20	Biovision		EUR 294

pGB CIAP-1 siRNA Vector Mix
9516-20	Biovision		EUR 610

pGB CIAP-1 siRNA Vector Mix
9516-60	Biovision		EUR 1055

Control siRNA Vector (pGB-control)
9500C-20	Biovision		EUR 338

pGB AIF siRNA Vector Mix
9511-20	Biovision		EUR 610

pGB AIF siRNA Vector Mix
9511-60	Biovision		EUR 1055

pGB BAD siRNA Vector Mix
9512-20	Biovision		EUR 610

pGB BAD siRNA Vector Mix
9512-60	Biovision		EUR 1055

pGB BAX siRNA Vector Mix
9513-20	Biovision		EUR 610

pGB BAX siRNA Vector Mix
9513-60	Biovision		EUR 1055

pGB BID siRNA Vector Mix
9515-20	Biovision		EUR 610

pGB BID siRNA Vector Mix
9515-60	Biovision		EUR 1055

pGB Hsp90 siRNA Vector Mix
9518-20	Biovision		EUR 610

pGB Hsp90 siRNA Vector Mix
9518-60	Biovision		EUR 1055

pGB Bcl-2 siRNA Vector Mix
9514-20	Biovision		EUR 610

pGB Bcl-2 siRNA Vector Mix
9514-60	Biovision		EUR 1055

pGB CIAP-2 siRNA Vector Mix
9517-20	Biovision		EUR 610

pGB CIAP-2 siRNA Vector Mix
9517-60	Biovision		EUR 1055

Anti-Caspase-1(P20)/CASP1 Antibody
PA1440-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 294

TranslationBlocker Human Caspase-1 siRNA, 1nmol
QX38-1nmol	EnQuireBio	1nmol	EUR 276

TranslationBlocker Human Caspase-1 siRNA, 5nmol
QX38-5nmol	EnQuireBio	5nmol	EUR 377

Caspase Inhibitor Set I
A9901-1	ApexBio	1 Set	EUR 154

Caspase-3/7 Inhibitor
2780-1	Biovision		EUR 153

Anti-Caspase 8/CASP8 Antibody
A00042-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 294

Anti-Caspase-2/CASP2 Antibody
A02384-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 334

Anti-Caspase 4/CASP4 Antibody
A02941-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 334

Caspase-3/7 Inhibitor I
A1925-1	ApexBio	1 mg	EUR 148
Description: Caspase-3/7 inbibitor I is a potent, reversible, isatin sulfonamide-based inhibitor of caspase-3 (KI(app) = 60 nM) and caspase-7 (KI(app) = 170 nM). Is a weaker inhibitor of caspase-9 (Ki(app) = 3.1 mM).

Canine Pepsin B, PGB ELISA KIT
ELI-21572d	Lifescience Market	96 Tests	EUR 928

Porcine Pepsin B, PGB ELISA KIT
ELI-37737p	Lifescience Market	96 Tests	EUR 928

Anti-Caspase-8 Rabbit Monoclonal Antibody
M00042-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-8 Antibody. Validated in IF, WB and tested in Human.

Anti-Caspase-7 Rabbit Monoclonal Antibody
M01044-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-7 Antibody. Validated in IP, WB and tested in Mouse, Rat.

Anti-Caspase-10 Rabbit Monoclonal Antibody
M02190-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-10 Antibody. Validated in IP, WB and tested in Human.

Anti-Caspase-2 Rabbit Monoclonal Antibody
M02384-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-2 Antibody. Validated in IF, IHC, WB and tested in Human, Mouse, Rat.

Anti-Caspase-3 (P10)/CASP3 Antibody
PA1302-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 334

Anti-Caspase-6(P18)/CASP6 Antibody
PA1441-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 334

Anti-Caspase-3(P17)/CASP3 Antibody
PA1961-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 334

Ac-DEVD-CHO, Caspase-3 Inhibitor
10404-1	Biotium	1MG	EUR 125
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1MG

Caspase-8 Inhibitor Z-IETD-FMK
B4096-.1	ApexBio	100 µl (2 mM)	EUR 195
Description: Z-IETD-FMK is an inhibitor of caspase 8 [1].Z-IETD-FMK inhibits T cell proliferation induced by PHA or anti-CD3 plus anti-CD28 without toxicity of resting T cells.

Caspase-9 Inhibitor Z-LEHD-FMK
B4573-.1	ApexBio	100 µl (2 mM)	EUR 195
Description: Z-LEHD-FMK is a specific and irreversible inhibitor of caspase-9 [1]. Caspase-9 is an initiator caspase and plays an important role in the mitochondrial death pathway.

Caspase-3 Inhibitor, Ac-DMQD-CHO
B2161-1	Biovision		EUR 137

Caspase-3 Inhibitor Q-DEVD-OPh
1175-1	Biovision		EUR 272

Caspase-8 Inhibitor, Q-IETD-OPh
1176-1	Biovision		EUR 305

Caspase-9 Inhibitor, Q-LEHD-OPh
1177-1	Biovision		EUR 294

Caspase-3 inhibitor, Z-DQMD-FMK
2782-1	Biovision		EUR 142

TranslationBlocker Human Caspase-2 siRNA, 10nmol
QX39-10nmol	EnQuireBio	10nmol	EUR 377

TranslationBlocker Human Caspase-2 siRNA, 2nmol
QX39-2nmol	EnQuireBio	2nmol	EUR 276

TranslationBlocker Human Caspase-3 siRNA, 10nmol
QX40-10nmol	EnQuireBio	10nmol	EUR 377

TranslationBlocker Human Caspase-3 siRNA, 2nmol
QX40-2nmol	EnQuireBio	2nmol	EUR 276

TranslationBlocker Human Caspase-6 siRNA, 10nmol
QX41-10nmol	EnQuireBio	10nmol	EUR 377

TranslationBlocker Human Caspase-6 siRNA, 2nmol
QX41-2nmol	EnQuireBio	2nmol	EUR 276

TranslationBlocker Human Caspase-7 siRNA, 10nmol
QX42-10nmol	EnQuireBio	10nmol	EUR 377

TranslationBlocker Human Caspase-7 siRNA, 2nmol
QX42-2nmol	EnQuireBio	2nmol	EUR 276

TranslationBlocker Human Caspase-8 siRNA, 10nmol
QX43-10nmol	EnQuireBio	10nmol	EUR 377

TranslationBlocker Human Caspase-8 siRNA, 2nmol
QX43-2nmol	EnQuireBio	2nmol	EUR 276

Anti-pro Caspase 9 Rabbit Monoclonal Antibody
M00080-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal pro Caspase 9 Antibody. Validated in WB and tested in Human.

Anti-pro Caspase 3 Rabbit Monoclonal Antibody
M00334-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal pro Caspase 3 Antibody. Validated in IP, IF, WB and tested in Human, Mouse.

Anti-Caspase-6 p18 Rabbit Monoclonal Antibody
M02631-1	BosterBio	100ug/vial	EUR 397
Description: Rabbit Monoclonal Caspase-6 p18 Antibody. Validated in IP, WB and tested in Human.

Pan-caspase inhibitor, Q-VD(OMe)-OPh
2787-1	Biovision		EUR 262

Caspase-1 Antibody
24290-100ul	SAB	100ul	EUR 390

Caspase-1 Antibody
24291-100ul	SAB	100ul	EUR 390

caspase 1 Antibody
39310-100ul	SAB	100ul	EUR 390

Caspase-1 Antibody
48847-100ul	SAB	100ul	EUR 333

Caspase-1 Antibody
48847-50ul	SAB	50ul	EUR 239

Caspase 1 Antibody
AF5418	Affbiotech	200ul	EUR 304
Description: Caspase 1 Antibody detects endogenous levels of total Caspase 1.

Caspase 1 Antibody
ABF5418	Lifescience Market	100 ug	EUR 438

Caspase 1 antibody
PAab10015	Lifescience Market	100 ug	EUR 386

anti-Caspase 1
YF-PA10676	Abfrontier	100 ug	EUR 403
Description: Rabbit polyclonal to Caspase 1

Caspase 1 Antibody
6687-100	Biovision		EUR 338

Caspase 1 Antibody
6687-30T	Biovision		EUR 146

Caspase-1 Antibody
3019-100	Biovision		EUR 403

Caspase-1 Antibody
3019-30T	Biovision		EUR 146

Caspase 1 antibody
20R-1427	Fitzgerald	100 ug	EUR 651
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 protein
30R-2404	Fitzgerald	25 units	EUR 375
Description: Purified recombinant Human Caspase 1 protein

Caspase 1 protein
30R-2413	Fitzgerald	25 units	EUR 295
Description: Purified recombinant Mouse Caspase 1 protein

Caspase-1 Antibody
3459-002mg	ProSci	0.02 mg	EUR 171.82
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts.

Caspase-1 Antibody
3459-01mg	ProSci	0.1 mg	EUR 436.42
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts.

Caspase-1 Antibody
3463-002mg	ProSci	0.02 mg	EUR 171.82
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts.

Caspase-1 Antibody
3463-01mg	ProSci	0.1 mg	EUR 436.42
Description: Caspase-1 Antibody: Caspases are a family of cysteine proteases that can be divided into the apoptotic and inflammatory caspase subfamilies. Unlike the apoptotic caspases, members of the inflammatory subfamily are generally not involved in cell death but are associated with the immune response to microbial pathogens. Members of this subfamily include caspase-1, -4, -5, and -12 and can activate proinflammatory cytokines such as IL-1β and IL-18. Caspase-1 was initially identified as an IL-1β-converting enzyme; later experiments revealed it to be a mammalian homolog of the C. elegans cell death gene ced-3 whose overexpression can induce apoptosis in fibroblasts.

Caspase-1 Peptide
3459P	ProSci	0.05 mg	EUR 164.75
Description: (CT) Caspase-1 peptide

Caspase-1 Peptide
3463P	ProSci	0.05 mg	EUR 164.75
Description: (IN) Caspase-1 peptide

Caspase 1 antibody
70R-31086	Fitzgerald	100 ug	EUR 327
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-31087	Fitzgerald	100 ug	EUR 327
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-31116	Fitzgerald	100 ug	EUR 327
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-35920	Fitzgerald	100 ug	EUR 327
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-11561	Fitzgerald	100 ug	EUR 527
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-13979	Fitzgerald	100 ug	EUR 322
Description: Affinity purified Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-14061	Fitzgerald	100 ug	EUR 322
Description: Affinity purified Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-15367	Fitzgerald	100 ug	EUR 327
Description: Rabbit polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-51474	Fitzgerald	100 ul	EUR 244
Description: Purified Polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-49451	Fitzgerald	100 ul	EUR 244
Description: Purified Polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase 1 antibody
70R-49452	Fitzgerald	100 ul	EUR 244
Description: Purified Polyclonal Caspase 1 antibody

Caspase-3 DEVD-R110 Fluorometric HTS Assay Kit
30009-1	Biotium	1KIT	EUR 100
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1KIT

Ustaliliśmy, że zbiorowiska drobnoustrojów w bioreaktorach były najbardziej zróżnicowane pod względem wykrytych typów bakterii. Przewidywane szlaki metaboliczne silnie wskazują na kluczową rolę zbiorowisk syntroficznych z denitryfikacją, metanogenezą, redukcją manganu, siarczanów i żelaza. Omówiono perspektywy badania dynamiki systemów inżynieryjnych za pomocą wysokowydajnego sekwencjonowania i technik biochemicznych oraz zaproponowano przewidywane zastosowanie biologii syntetycznej i eksploracji omiki do ulepszonej biotransformacji AMD.